怀孕后40天出现了褐色的分泌物，多是由于休息不好或者自身的孕酮水平比较低导致了先兆流产的现象。建议观察是否还有腹痛等不适的现象，应该及时到医院做全面的产检，主要是看一下孕酮的水平，然后安排保胎治疗。如果胚胎的发育基本上正常，一般用药之后出血的症状是可以得到控制的。