宫外孕药物治疗的副作用就是药物治疗失败，需要采取手术治疗，另外就是药物治疗后胚胎机化没有及时排出，导致输卵管堵塞，影响以后怀孕，宫外孕药物治疗的前提是宫外孕早期，没有破裂，血hcg值低于两千，孕囊直径小于4厘米，不管是手术治疗还是药物治疗，治疗后要定期监测hcg值。