巧克力囊肿是由于子宫内膜异位到的卵巢造成的。如果巧克力囊肿比较大了，比如在5厘米以上，需要进行手术治疗，因为大的巧克力囊肿有可能会发生扭转或者破裂等并发症。暂时没有生育要求的女性，可以应用药物造成假绝经或者假孕现象，防止巧克力囊肿复发。有生育要求的女性，尽早怀孕，也有利于巧克力囊肿的治疗。