怀孕45天的时候被查出来子宫肌瘤，如何处理取决于肌瘤所在的具体位置以及肌瘤的大小。如果子宫肌瘤位于粘膜下，通常都会在怀孕早期引起流产的症状，成功是怀孕到足月的机会很少，肌瘤较大的需要手术治疗，肌瘤较小的可以暂时观察。如果肌瘤位于肌层或者是浆膜外，体积小数、量少的一般不明显影响妊娠，不需要进行特殊的处理。