巧克力囊肿做手术需要的费用在3到5千元左右，一般都是通过微创手术的方式治疗，所以治疗的费用并不是特别高。如果总是出现痛经的现象，在月经干净后能够自然缓解，和巧克力囊肿的关系比较大，通过手术治疗能够彻底改善身体不适的现象。但是在手术之后仍需要用药一段时间预防病情反复。