子宫附件囊肿分为生理性的和病理性的，如果是生理性的大多为黄体囊肿，是因为排卵后，卵巢黄体内出现了液体淤积而导致的。病理性的大多是炎性的囊肿，大多是盆腔中存在炎症刺激，引起了炎性液体被囊泡包裹所形成的。例如巧克力囊肿，大多是因为经期同房，或是剖腹产手术，造成了内膜异位到卵巢上引起的。而普通的卵巢囊肿，大多是体内雌孕激素水平过高造成的刺激而引起的。