羊水穿刺主要是检查染色体的到位、异位现象。基因芯片主要检查的是染色体某一个基因位点是否有缺失或者重复的现象。羊水穿刺和基因芯片的检查结果都是很准确的，但是二者之间不能相互代替。对于没有基因遗传疾病的孕妇来说，检查其中一种就可以。如果有多次流产病史，怀疑有染色体异常的问题，最好是两个检查都做。