卵巢巧克力囊肿是不会癌变的。卵巢巧克力囊肿的根本性质，是子宫内膜异位到卵巢后，发生周期性的剥脱出血而引起的一种囊性病变。这种病变没有癌变的可能性，但是会随着每次月经来潮而出现逐渐加重的痛经症状，并且囊肿的体积逐渐增大，需要及时的进行综合治疗，延缓病情发展。