卵巢巧克力囊肿的治疗方式要根据患者的具体情况而定，如果是处于育龄期的女性，有生育的要求，并且囊肿的大小超过了3cm，可以进行腹腔镜下囊肿剔除手术。术后卵巢要以恢复正常的排卵，不影响正常的生孕能力。对于已经接近绝经期的女性，可以采用促性腺激素释放激素类的药物治疗，如达菲林，让女性可以提前绝经，从而使痛经的现象得到缓解。