巧克力囊肿是无法自愈的，但是可以通过药物治疗，或者是手术方式进行治疗。巧克力囊肿，最常见的就是痛经、月经不调或者是性交痛，而且还会导致感染不孕盆腔粘连等情况，如果你月经非常的不规律，或者是痛经非常的严重，建议治疗巧克力囊肿；如果属于备孕期，可自然怀孕的情况下，可以先怀孕，然后再治疗巧克力囊肿，如果巧克力囊肿影响了怀孕，建议先治疗巧克力囊肿。