巧克力囊肿的患者，如果要服用药物治疗，只有服用具有抗雌激素作用的药物，才有一定的治疗效果。临床上应用比较多的主要是短效避孕药以及高效的孕激素类药物，服用这些药物后，可以使雌激素的作用被减弱，月经周期中子宫内膜的增生和剥脱功能受到限制，使巧克力囊肿逐渐的萎缩。不过，停药以后容易复发。