怀孕45天的时候，正常的孕囊大小一般在15个毫米左右。正常的孕囊一般都呈圆形或者是近似圆形，孕囊的各经线大小没有大的区别。如果怀孕45天的时候检查出来孕囊大小不正常，需要同时观察孕囊内的胎芽发育情况和原始心管搏动。如果胎芽发育和心管搏动正常，就没有大的问题。