怀孕40天还检查不到孕囊，有可能是宫外孕或者受孕的时间比较晚导致了孕囊还没有进入宫腔。可以先观察停经的时间，再过几天及时到医院选择彩超复查。如果长时间都没有看到孕囊比较危险，观察孕妇是否有腹部的疼痛或者出血的现象，如果发现是宫外孕需要尽快住院观察，进行手术治疗。