母体排斥胚胎的原因，通常都与母体自身免疫系统的功能异常有关。由于母体自身免疫系统功能不正常，将怀孕后正常的胚胎组织，误认为是进入体内的一些异物，所以会产生针对胚胎的特异性抗体，引起免疫性流产。另外，如果胚胎本身发育不正常，也可能会成为一种致敏原，导致孕妇的免疫系统功能增强，发生免疫性流产。