羊水穿刺检查判断染色体是否存在畸形，相对来说是比较准确的。正常情况下，在羊水内存在着胎儿的身体代谢碎片，可以直接反映胎儿的染色体情况，对于判断胎儿是否存在畸形是比较准确的。无创DNA是通过抽取孕妇的血液，查找胎儿的DNA碎片进行染色体的检查，如果血液中的胎儿DNA碎片较少，有可能会影响正常的检测结果。