停经45天但是没有见孕囊，可能的原因主要包括：1、停经的原因不是怀孕引起的，而是因为子宫腔粘连或者卵巢功能异常，盆腔炎等疾病导致的。因为本身就没有怀孕，所以也不会出现妊娠囊。2、停经的原因是怀孕引起的，但是怀孕后的受精卵发育不正常，虽然怀孕了，但受精卵没有发育，所以没有形成孕囊。