做巧克力囊肿的手术费用大概是在几千至万人民币左右的，但是同时还要根据患者的病情程度来决定，因为如果患者病情程度比较严重，采取的费用相对来说是比较昂贵的。同时还要根据患者在什么地方进行治疗而决定，因为不同的地方收费的标准就是不一样的。