胎儿畸形，如果在怀孕期间发现了，建议采取流产处理，这种情况下应该是可以走医保程序，住院费用可以按照当地医保政策给予部分报销的。但是这种情况并不是生育险的部分，所以不能走生育险的报销。具体的政策还应该根据医院规定来进行，可以在办理住院之前咨询您的医生，进行相关手续办理。