怀孕40天采用药物流产的方式是会出现疼痛症状的，主要是由于终止妊娠以后，子宫会出现收缩，这样才能将孕囊组织排出，而子宫收缩就会引起腹痛，不过大多也在耐受的范围内。如果怕疼可以选择无痛人流的方式。另外，选择药物流产后要除要多加休息外，还要注意观察流血的情况，如果流血量大，或是持续时间较久，不能排除是流产不全的原因，需要去医院做清宫处理。