有巧克力囊肿的情况，短时间内吃避孕药可能不能够缩小，但是如果是长期吃避孕药，虽然会导致有巧克力囊肿缩小，但是也会导致一些并发症的情况发生。因此在患有巧克力囊肿的时候，会导致女性出现有月经期间痛经的情况发生，小的囊肿一般可以先暂时观察；大的囊肿，则可以通过手术切除治疗的。