巧克力囊肿大多是因为子宫内膜异位症导致的。当子宫内膜异位到了卵巢上时，就会有增生、脱落和出血的现象，并且会每个月周而复始的发生，但是由于卵巢并没有出口可以通向外界，这样出血不能排出体外，就会在体内越积越多，从而发生巧克力囊肿。建议患者最好是接受手术治疗，术后可以将囊肿组织送去做病理检查，根据病理检查的结果考虑做进一步的治疗。