怀孕三个月时进行引产术是会有一定痛苦的。三个月大的胎儿在门诊不能再进行人工流产了，需要住院进行引产才行。医生会为孕妇注射专用的引产药物，促使出现宫缩，并使子宫口扩开，从而将胎儿的胎盘组织排出体外，这个过程会有疼痛症状出现，不过怀孕三个月时，相较还不是很大，和一些月份较大的孕妇来说，引产的宫缩时间较短，所以痛苦也相对较小。