巧克力囊肿的预后存在显著的个体差异，不论哪一种方法治疗，可能的预后在不同的个体之间都是不完全这样的。通过注射药物来治疗巧克力囊肿，主要使用的是促性腺激素释放激素，可以降低体内的雌激素水平，抑制子宫内膜的增生，从而起到治疗效果。但是，用药后的效果并不完全一致。而且，也不能达到使巧克力囊肿不复发的效果。