女性出现自然流产是会肚子疼的。因为不管哪一种方式的流产都会有子宫收缩的现象发生，子宫收缩就会引起小腹疼痛，甚至是剧烈的疼痛。因此，怀孕后的女性如果小腹出现疼痛，并伴有阴道出血的话，就要考虑是流产而引起的。引起自然流产的原因比较多，比如受精卵本身质量不好，染色体异常，孕妇身体过于虚弱，孕激素水平偏低等原因都会引起。