怀孕两个月有褐色分泌物，考虑是流产的先兆，有可能是胚胎停育或是孕酮低导致的，需要去医院检查B超和孕酮，看是否正常，如果孕酮低有胎心胎芽生长，可以先口服黄体酮保胎治疗，卧床休息，如果妊娠囊发育异常，一般在孕早期会发生流产，如果没有胎心胎芽考虑是胚胎停育了，需要及时去医院做流产手术。