衣原体感染对胚胎的发育基本没有影响，但是对受孕有可能会有影响，会干扰精子和卵子的结合，从而引起备孕失败。受孕成功以后，可以在按时产检的前提下继续进行妊娠，一般不会出现异常情况。此外，常规使用的治疗支原体的药物是不会致畸的，但要根据具体的药品判断。