女性在怀孕40天吃了慎吃的药，这时候也并不是禁用的药物，需要根据情况来进行决定。第一，如果是女性此期间也是出现了下腹痛，阴道流血等先兆流产的情况，也可以选择终止妊娠处理。第二，女性在怀孕40天吃了药物，但是胚胎发育良好，没有出现异常情况，可以定期做好产检再观察也是可以的。