怀孕3周不能做药物流产，因为停经的时间比较短，孕囊还没有进入子宫内，就不能盲目的用药，否则会导致宫外孕的风险性上升。意外怀孕之后可以先休息，及时到医院做全面的检查，看到孕囊之后再用药。药物流产的安全性比较高，但是流产之后需要休息，及时到医院做全面的复查，警惕宫腔内的残留物。