怀孕39天的时候，一般都是可以做药物流产的。做药物流产的时间在35天到49天之间，只要在宫腔内看到了妊娠囊，就可以服用药物终止妊娠。部分孕妇的月经周期比较长，受精卵着床和发育的时间比较晚，39天的时候可能还看不到妊娠囊，这个时候就需要适当的推迟做药物流产的时间，但不能超过49天。