胎儿亲子鉴定的方法：1、如果做流产手术，手术以后可以通过胎儿的绒毛膜做亲子鉴定。2、如果要宝宝，建议怀孕18周左右，去医院做羊水穿刺检查，这也是一次大排畸检查，在这次检查中同时就可以做亲子鉴定了。近年来羊水穿刺检查，一般不会影响宝宝和孕妇的健康。因为是通过彩超确定羊水最深的位置来施行手术的。