怀孕46天的时候，一般建议做下腹部超声检查即可，没有必要做阴道超声。在怀孕46天的时候，如果胚胎发育正常，妊娠囊内就会有胎芽形成和心管搏动，通过下腹部超声检查就可以清楚地看到。如果在做下腹部超声检查的时候没有看到妊娠囊，或者是在妊娠囊内没有看到胎芽发育和心管搏动，可以考虑做阴超进一步检查，也可以在一周后复查。