怀孕初期做阴道B超检查的话，一般不会导致发生流产的，而且要比腹部B超检查更早的看到孕囊。导致发生流产的原因是比较多的，但不一定是做阴道B超检查造成的，比如胚胎或者胎儿染色体异常，孕妇有严重的基础性疾病，孕妇有内分泌紊乱或者是先天性子宫发育异常等，都可能会导致发生流产。