克林霉素的副作用，与使用克林霉素的方法有关。通过全身性途径使用克林霉素，产生的副作用中最常见的是对消化道的刺激症状。患者可能会出现口苦、恶心、食欲不振的表现。除此以外，还有可能引起过敏的症状，皮肤出现起疹子和瘙痒的表现。部分患者会发生肝功能和肾功能受损的表现。