胚胎被母体排斥，最主要的不良后果就是出现流产的表现，引起阴道内出血、下腹部疼痛等症状。怀孕早期发现阴道内有褐色的分泌物，并且伴有下腹部疼痛，这种情况属于先兆流产的表现，但是不一定是因为胚胎被母体排斥而引起的。也有可能是胚胎本身发育异常，或者是孕妇体内的性激素水平不足所致。