怀孕后做药物流产的时候，是会有疼痛感的。做药物流产的时候，主要就是通过药物诱发子宫收缩，在子宫收缩的作用下，使妊娠囊与子宫壁直接发生分离的现象，从而使妊娠囊排出。所以，当服药以后出现子宫收缩的时候，就会随着子宫收缩的过程而出现下腹部疼痛的症状。