怀孕40天肚子疼有可能是胚胎的着床，子宫增大牵拉周围的韧带导致的，也可能和自身的孕酮水平低有直接的关系。如果有剧烈的疼痛现象是不正常的，需要尽快到医院做检查，判断是否有流产或者宫外孕的几率，如果胚胎的发育正常，就可以在医生的指导下配伍合适的药物保胎治疗，过几天疼痛感会消失。