导致怀孕两个月以后自然流产的原因很多：1、由于孕妇的子宫畸形，比如鞍形子宫、纵隔子宫等。2、由于流产手术或者引产手术，或者宫腔手术而引起子宫内膜炎症、子宫内膜增生、子宫内膜基底损伤，就会导致孕胚不能着床。3、遗传因素，比如夫妻双方的染色体任何一方的有变异现象都有可能会遗传宝宝，而引起流产或者畸形等。