在怀孕40天出现有褐色分泌物：一种情况，可能是存在有先兆流产的情况发生。二种情况，也可能是女性的胚胎刚刚着床到宫腔内，着床不牢固也会出现有褐色分泌物的，需要及时去做B超和抽血查hcg、孕酮的水平，如果是激素水平低而引起的需要及时的给予保胎药物治疗，以有利于胚胎的正常发育。