怀孕已经三个月了，是可以用复方氯已定含漱液漱口的，因为这个只是在口腔里，不是口服用药，所以不会作用到体内的。在怀孕期间，不管需要服用哪种药物，都需要看看药物的说明书，如果是怀孕期间禁用的或者是慎用的，最好不要服用。因为有的药物对于胎儿的生长发育是有一定的不良影响的，有的甚至会导致胎儿发生畸形的不良情况。