通常是不会自愈的，因为精子出现了咖啡色可能是精囊部位出现了炎症感染引起的，是不会自愈的，需要去医院进行精液的细菌培养，明确是哪一种细菌感染以后，在医生指导下使用消炎药物进行治疗。不及时进行治疗很可能会使病情进一步加重，并且还会导致精子数量减少或者是死精。在治疗期间还要多做有氧运动，增强抗病能力。