十三周岁男孩生殖器两公分左右可能是正常的，男性12到16周岁是生殖系统发育期，个体差异是很大的。男孩子13岁身体的各个器官正在发育中，所以不要太过担心，平时注意卫生，多增加锻炼，增加运动，增强体质，只要没什么先天和后天疾病，一般都能发育正常的。