输卵管囊肿切除后一般不会对怀孕有很大的影响。如果是单纯的输卵管囊肿切除，另一侧输卵管完全通畅的情况下，自然怀孕的可能性是有的。但是备孕之前需要到医院做输卵管的筛查，然后决定同房的时间。备孕期间还推荐做卵泡的检测，确诊准确的排卵时间，安排同房之后怀孕的可能性会提升。