孕酮低并不会导致孩子发育畸形，但是会引起流产。怀孕两个半月的时候，有下腹部坠痛的症状，检查出来孕酮低，这是先兆流产的典型表现，这种情况下可以使用孕激素进行保胎治疗。孕酮低的主要不良后果就是流产，如果及时保胎治疗并且能够成功保胎成功的话，孩子的发育不会受到明显的影响，不会引起畸形的问题。