目前治疗输卵管长囊肿的方法有且只有一种，那就是进行摘除手术。如果发现输卵管的囊肿体积较大的话要尽快去医院检查治疗，因为输卵管有囊肿对怀孕的影响是很大的。如果体积还很小的话，可以暂时通过吃药的方式来控制囊肿的长大。