主要区别是临床症状不同，麦粒肿主要是眼睑细菌感染会导致皮肤出现红肿以及疼痛严重时还会有化脓。结膜炎是一种特发性的眼部症状，可能是细菌或者是病毒，以及真菌感染结膜等造成，会导致眼睛干涩以及发红等症状，但是不会引起眼睑部位出现肿胀，需要在医生指导下使用抗生素眼药水滴入治疗。