两只眼睛对焦不在一点需要根据实际病因来进行针对性治疗，常见的病因主要有双眼复视、糖尿病性的神经源性眼肌麻痹、外伤性的眼肌麻痹、甲亢所造成的眼肌麻痹等。患者需要通过详细检查来进行确诊，例如病史、视力检查、眼底检查、眼球运动检查等，确诊后再采取针对性治疗。