用了漱口水两腮内壁疼可能是口腔溃疡导致的，一般是受到局部创伤或者量不良引起的，也可能是缺乏维生素或者微量元素导致的，当局部受到漱口水的刺激也会出现不良反应。如果不舒适症状比较严重，可以通过医院口腔科进行相关检查，医生指导下采取针对性药物进行治疗，平时要注意口腔卫生。