首先发病部位不同。扁桃体属于淋巴组织，属于免疫器官，位于舌根部两侧，咽部则是呼吸及吞咽的重要通道。扁桃体炎一般嗓子两侧疼痛，而咽炎一般嗓子中间部位疼痛。两者的治疗方式是相同的，都需要抗炎治疗。临床上比较常用的药物是阿莫西林。