耳根子疼一般是外耳道疾病，如外耳道炎、弥漫性外耳道炎、外耳道真菌感染等。中耳疾病如鼓膜炎、急性中耳炎、分泌性中耳炎早期、慢行中耳炎急性发作等也可以引起。耳根子疼也见于神经疼，如耳大神经、枕小神经以及三叉神经引起的。咽喉部的症状也会引起耳根子疼，如急性咽炎、急性扁桃体炎、扁桃体周围炎、扁桃体脓肿、急性会厌炎等，通过舌咽神经反射性引起耳根子疼。