扁桃体发炎、体温达到39度，可以服用退热的药物对症处理，多喝水，降低体温。同时，尽快查清楚扁桃体发炎是病毒性的、还是细菌性的。如果是病毒性的扁桃体炎，就要及时使用清热、解毒、抗病毒的药物治疗。如果是细菌感染引起的，在清热解毒的基础上，还要使用抗生素进行治疗。